Związek Pruski odniósł niespodziewanym atakiem gigantyczne sukcesy. Łatwo przechodziły w ręce związkowców kolejne zamki krzyżackie. Dłuższy opór stawiały Ostróda i Elbląg, załoga Pasłęka obroniła zamek, ale wycofała się do Malborka. Zamki biskupie również się poddały; w Braniewie mieszczanie częściowo zburzyli warownie. Powstańcom oparł się jedynie Malbork. Mieszczanie w Elblągu, Gdańsku i Toruniu zburzyli krzyżackie warowne zamki. Kazimierz Jagiellończyk odebrał hołdy ziem w Toruniu i Elblągu. Wojna trzynastoletnia uwidoczniła słabość instytucji pospolitego ruszenia. Szlachta z Kujaw i Wielkopolski zgromadzona pod Cerekwicą odmówiła walki. Król musiał się ugiąć i nadać szlachcie przywileje. Zadowolona szlachta poniosła klęskę pod Chojnicami, co przekreśliło możliwość szybkiego zakończenia wojny. Zakon systematycznie odrabiał straty, miasta pruskie ponownie składały hołd Krzyżakom. Dużym sukcesem było odbicie Królewca co dało Zakonowi punkt oparcia nad Bałtykiem i zapewniło możliwość dostarczania posiłków drogą morską. Duńskie wsparcie Zakonu skończyło się w 1458 r., kiedy Kazimierz Jagiellończyk zawarł rozejm z Danią.

Wojna wyczerpywała bardziej Zakon niż Polskę. Strona polska wiedząc o kłopotach Zakonu z opłaceniem wojsk zaciężnych w zamian za poddanie zamków uregulowała 190 tys. florenów krzyżackich długów. Dowódca wojsk zaciężnych Ulryk Czerwonka wydał w polskie ręce zamki w Malborku, Tczewie i Iławie (1457). Wielki mistrz zmuszony został do ewakuacji do Królewca. Następne lata to negocjacje i powolne acz skuteczne odbijanie warowni i miast przez Krzyżaków. Udało się im nawet wywalczyć papieską ekskomunikę dla króla polskiego.

W 1461 r. Polska zmieniła taktykę prowadzenia wojny. Król odstąpił od pospolitego ruszenia, przeznaczając pieniądze na wojska zaciężne. Dowództwo objął podkomorzy sandomierski Piotr Dunin. 17 września 1462 r. rozbił pod Świecinem zaciężne wojska Fritza Rawenecka. Ostatnią wielką potyczką tej wojny była bitwa morska na Zalewie Wiślanym 15 września 1463 r. 44 statki Krzyżaków zostały rozbite przez 25 statków gdańskich i elbląskich. Wkrótce potem upadł ostatni poważniejszy krzyżacki punkt oporu, jakim był nadwiślański zamek w Gniewie. W 1464 r. biskup Warmii Paweł Legendorf poddał Polsce warmińskie zamki. Wiosną 1465 r. na Mierzei Wiślanej rozpoczęto rokowania pokojowe. W rozwiązanie sporu włączył się papież Paweł II, któremu zależało na ocaleniu istnienia Zakonu. 19 października 1466 r. podpisano II pokój toruński. Pomorze Gdańskie, Ziemia Chełmińska z Toruniem, Powiśle z Malborkiem i Elblągiem oraz Warmia przypadły Polsce. Zakon poniósł olbrzymie straty ale utrzymał się w Prusach. Z większych miast Krzyżakom pozostał jedynie Królewiec, do którego przenieśli swoją stolicę, oraz ważny strategicznie Kwidzyn. Wielki Mistrz stał się lennikiem króla polskiego, obowiązany był składać mu przysięgę wierności. Nowe nabytki polskie, oprócz Warmii, zaczęto nazywać Prusami Królewskimi, zakonne tereny zwano Prusami Krzyżackimi.