Po przeniesieniu stolicy państwa z Wenecji do Malborka w 1309 r. państwo zostało definitywnie podzielone na jednostki administracyjne. Podstawową jednostką organizacji terytorialnej było komturstwo. Składało się z grodu (zamku) i podległego mu okręgu grodowego. Komturstwa miały silnie rozwiniętą sieć wójtostw, prokuratorii, komornictw i urzędów rybackich i leśnych, których zadaniem był gospodarczy zarząd i eksploatacja kraju. W Prusach komturstwa stanowiły rozległe, wydłużone pasy terytorialne, ciągnące się od Bałtyku aż do południowej granicy państwa. W Ziemi Chełmińskiej komturstwa były dużo mniejsze. Liczba komturstw ulegała zmianie. Po zamkach komturskich rozmieszczono główną jednostkę organizacyjną Zakonu - konwenty. Składały się z trzech rodzajów członków: właściwych braci zakonnych-rycerzy, księży i braci służebnych (półbracia). Rycerze obsadzali wszystkie funkcje zakonno-administracyjne. Bracia służebni pełnili podrzędne funkcje administracyjne i usługowe. Zwierzchnikami konwentu byli komturowie, kierowali podległymi im jednostkami terytorialnymi. Nie byli niczym ograniczani czy kontrolowani przez społeczeństwo.

Komturstwo było również podstawową wojskową jednostką organizacyjną. Komtur był naczelnikiem wojskowym zarówno sił konwentu jak i podlegającego mu obszaru. Pomocnikiem komtura do spraw wojskowych był chorąży, przedstawiciel okolicznego rycerstwa. Rycerstwo było zobowiązane do służby wojskowej na każde wezwanie komtura. Obok rycerstwa do służby wojskowej pociągani byli tzw. wolni. Do służby zwyczajowo powoływani byli również poddani biskupów. Do 1410 r. duże znaczenie mieli goście Zakonu przybywający z Europy Zachodniej. System wojowania opierał się głównie na ataku ciężkiej jazdy.

Bulla Innocentego IV z 1243 r. ustanowiła cztery diecezje pruskie. Po podboju Prus przez Krzyżaków utrzymano ten podział kościelny, ustalając jednocześnie administracyjny podział diecezji między Zakon a biskupów poszczególnych diecezji. Zwierzchność duchową nad całą diecezją należał do biskupa, władza świecka natomiast podzielona została w stosunku 2/3 – Zakon Krzyżacki, 1/3 – biskup diecezji. Tym samym władztwo krzyżackie we własnej ziemi zostało ograniczone. Poszczególni biskupi samodzielnie wybrali sobie własne domeny. Biskup warmiński i pomezański mieli swoje dobra w jednym kawałku, biskupi chełmiński i sambijski zarządzali trzema niepowiązanymi ze sobą ziemiami. Podział ten utrzymał się do 1525 r. Po sekularyzacji Zakonu Krzyżackiego i wprowadzeniu przez Albrechta Hohenzollerna wyznania luterańskiego jako obowiązującego w Prusach zlikwidowano biskupstwa pomezańskie i sambijskie, teren biskupstwa warmińskiego ograniczony został do terytorium dominium warmińskiego wraz z Elblągiem. Diecezja chełmińska, należąca w całości do Polski od 1466 r. nie uległa przemianom.